사나사는 신라 경명왕 7년 (923)에 고승인 대경대사가 제자 용문과 함께 창건하고 5층 석탑과 노사나불상을 조성하여 봉안하고 절 이름을 사나사로 하였다.
고려 공민왕 16년(1367)에 태고왕사 보우가 140여칸 규모로 중건하였으며, 고려 우왕 8년(1382) 12월 24일 보우스님이 용문산 소설암에서 입적하였는데, 이듬 해인 1383년에 문인 달심이 태고의 부도와 비를 사나사에 세웠다. 선조 25년(1592)에 일어난 임진왜란으로 인하여 사찰이 불타버린 것을 선조 41년(1608)에 단월 한방손이 재건하였다.
영조 51년(1773)에 양평군 내 유지들이 뜻을 모아 당산계를 조직하고 향답을 사찰에 시주하여 불량답(佛糧畓)을 마련하고 이를 기념하기 위해 경내에 비를 세웠다. 순종 원년(1907)에 일제의 침략에 항거하는 의병들의 근거지라하여 사찰을 모두 불태웠다. 그 후 여러 번의 재건을 거쳐 최근에는 1993년에 대웅전과 지장전을 재건하였다.
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